سجل المستكشف الكندي ديفيد طومسون لأول مرة الاسم الأمريكي الأصلي لنهر الأفعى باسم (Shawpatin) عندما وصل إلى فمه بالقارب في عام 1800، وعندما عبرت بعثة لويس وكلارك غرباً إلى مستجمع مياه نهر الأفعى في عام 1805 أطلقوا عليه اسم لويس أولاً ريفر لويس فورك أو لويس فورك، كما كان ميريويذر لويس أول من شاهد النهر من مجموعتهم، كما لاحظوا (الأفعى الهنود) الذين عاشوا على طول النهر، والذين كانوا في الواقع قبيلة شوشون وعلموا أن الأمريكيين الأصليين أطلقوا على نهر كي موو إي نيم أو يام باه با (لعشب نمت بغزارة على طول ضفافها).
سافر المستكشفون الأمريكيون في وقت لاحق، والذين كان بعضهم في الأصل جزءاً من بعثة لويس وكلارك الاستكشافية إلى مستجمعات مياه نهر الأفعى وتظهر السجلات أن مجموعة متنوعة من الأسماء ارتبطت بالنهر، وأطلق المستكشف ويلسون برايس هانت التابع لبعثة أستور على النهر اسم نهر ماد، حيث أعطى آخرون أسماء النهر بما في ذلك نهر شوشون (بعد القبيلة) ونهر سابتين، وفي النهاية تم اشتقاق اسم (Snake River) من لفتة على شكل حرف (S) صنعتها قبيلة شوشون بأيديهم لتمثيل سمك السلمون السباح، فقد أساء المستكشفون تفسيره على أنه يمثل ثعباناً، ممَّا أعطى النهر اسمه الحالي.
يعيش الناس على طول نهر الأفعى منذ 11000 عام على الأقل، حيث يقسم المؤرخ دانيال إس ميتتي عصور ما قبل التاريخ لحوض نهر الأفعى الغربي إلى ثلاث مراحل رئيسية أو (أنظمة تكيفية)، فالأول يسميه (العلف واسع الطيف) الذي يرجع تاريخه إلى 11500 إلى 4200 عام قبل الوقت الحاضر، وخلال هذه الفترة اعتمد الناس على مجموعة متنوعة من الموارد الغذائية، والفترة الثانية (العلف شبه المستقر) يعود تاريخها إلى 4200 – 250 سنة قبل الوقت الحاضر، وهي مميزة لزيادة الاعتماد على الأسماك وخاصة السلمون وكذلك حفظ الطعام وتخزينه، والمرحلة الثالثة من 250 إلى 100 عام قبل الوقت الحاضر يسميها (عرافو الفروسية)، وهي تتميز بوجود قبائل كبيرة على الخيول والتي قضت وقتاً طويلاً بعيداً عن صيد البيسون المحلي، كما يوجد في سهل نهر الأفعى الشرقي بعض الأدلة على ثقافات كلوفيس وفولسوم وبلانو التي يعود تاريخها إلى أكثر من 10000 عام.
لاحظ تجار الفراء والمستكشفون الأوائل مراكز التجارة الإقليمية، وقد أظهرت الأدلة الأثرية أن بعضها من العصور القديمة، وكان أحد هذه المراكز التجارية في منطقة وايزر موجوداً منذ 4500 عام، فربما تكون ثقافة فريمونت قد ساهمت في تكوين شوشونز التاريخية لكنها ليست مفهومة جيداً، فعنصر ثقافي مبكر آخر غير مفهوم جيداً يُسمَّى مجمع ميدفال، حيث ساعد إدخال الحصان إلى سهل نهر الأفعى حوالي عام 1700 في إنشاء ثقافتي شوشون وبيوت الشمالية، وتوجد عدة مواقع أثرية على نهر الأفعى في جنوب شرق واشنطن، كما يُطلق على واحدة من أقدم وأشهرها اسم (Marmes Rockshelter)، والذي تم استخدامه منذ أكثر من 11000 عام إلى الأزمنة الحديثة نسبياً، وغمرت بحيرة (Marmes Rockshelter) في عام 1968 ببحيرة هربرت جي ويست في خزان السد الأثري السفلي.
في النهاية سيطرت مجموعتان كبيرتان من الأمريكيين الأصليين على معظم نهر الأفعى وهي: نيز بيرس التي امتدت أراضيها من جنوب شرق هضبة كولومبيا إلى شمال أوريغون وغرب أيداهو وشوشون الذين احتلوا سنيك ريفر بلين فوق وتحت شلالات شوشون، حيث تباينت أنماط الحياة على طول نهر الأفعى على نطاق واسع، وأسفل شوشون فولز تركز الاقتصاد على سمك السلمون، الذي غالباً ما كان يصعد النهر بأعداد هائلة، وكان سمك السلمون الدعامة الأساسية لنيز بيرس ومعظم القبائل الأخرى أسفل شوشون فولز، وفوق الشلالات كانت الحياة مختلفة بشكل كبير، حيث يشكل سهل نهر الأفعى أحد المسارات الوحيدة السهلة نسبياً عبر جبال روكي الرئيسية لمئات الأميال، ممَّا يسمح للأمريكيين الأصليين في شرق وغرب الجبال بالتفاعل، فنتيجة لذلك تركزت شوشون على الاقتصاد التجاري.
وفقاً للأسطورة تم تأسيس قبيلة نيز بيرس لأول مرة في وادي نهر كليرووتر أحد الروافد الرئيسية المنخفضة لنهر الأفعى، ففي أوجها كان هناك ما لا يقل عن 27 مستوطنة نيز بيرس على طول نهر كليرووتر و 11 مستوطنة أخرى على الأفعى بين مصب نهر كليرووتر ونهر إمناها، وكانت هناك أيضاً قرى على نهر السلمون ونهر غراند روند ونهر توكانون ومنطقة هيلز كانيون السفلى، حيث دعم مسار السلمون السنوي لنهر الأفعى والذي قُدر في ذلك الوقت، بما يزيد عن أربعة ملايين في السنوات الجيدة نيز بيرس الذي عاش في قرى دائمة ومحددة جيداً على عكس القبائل الجنوبية الشرقية البدوية على طول نهر الأفعى، كما شارك نيز بيرس أيضًا في التجارة مع قبيلة فلاتهيد في الشمال وقبائل أخرى في وسط نهر كولومبيا، ومع ذلك فقد كانوا أعداء لشوشون وقبائل نهر سنيك الأخرى.
تميزت قبائل شوشون أو شوشوني بمجموعات بدوية أخذت ثقافتها من ثقافة (Bitterroot) السابقة، وقبائل الحوض العظيم التي هاجرت شمالاً عبر نهر (Owyhee)، فقد كانوا أقوى قبيلة في منطقة جبال روكي وكانوا معروفين للعديد من قبائل السهول الكبرى باسم (الأفاعي)، ففي القرن الثامن عشر امتدت أراضي شوشون إلى ما وراء سهل نهر الأفعى وامتدت عبر التقسيم القاري إلى مستجمعات المياه العليا لنهر ميسوري وحتى شمالاً إلى كندا، فكان وباء الجدري الذي جلبه المستكشفون الأوروبيون وصيادو الفراء مسؤولاً عن القضاء على جزء كبير من شوشون شرق جبال روكي، لكن الشوشون استمروا في احتلال سهل نهر الأفعى، وفي النهاية اندمجت ثقافة شوشون مع ثقافة قبائل بايوت وبانوك التي جاءت من منطقة الحوض العظيم ومنطقة هيلس كانيون على التوالي، وجلب البانوك معهم مهارة صيد الجاموس والخيول التي اكتسبوها من الأوروبيين، ممَّا أدى إلى تغيير طريقة حياة شوشون بشكل كبير.
استكشاف نهر الأفعى:
كانت بعثة لويس وكلارك الاستكشافية (1804–06) أول مجموعة أمريكية تعبر جبال روكي وتبحر عبر نهري الأفعى وكولومبيا إلى المحيط الهادي، فمن المفترض أن يكون ميريويذر لويس أول أمريكي يرى حوض تصريف نهر الأفعى بعد أن عبر الجبال قبل أيام قليلة من حزبه في 12 أغسطس 1805، وشاهد وادي نهر السلمون (أحد روافد الأفعى الرئيسية) من ممر ليمهي على بعد أميال قليلة من موقع السلمون الحالي بولاية أيداهو، حيث سافر الفريق في وقت لاحق شمالاً ونزل من نهر لمهي إلى السلمون وحاول النزول به إلى نهر الأفعى لكنه وجد أنه غير سالك؛ بسبب منحدراته العنيفة، وسميت البعثة نهر الأفعى باسم نهر لويس أو نهر لويس أو لويس فورك تكريماً له وسافروا شمالاً إلى نهر (Lochsa)، حيث سافروا عبر نهر كليرووتر إلى أسفل الأفعى وإلى كولومبيا، كما أشاروا إلى هنود شوشون باسم (الهنود الأفعى) والذي أصبح اسم النهر حالياً ومع ذلك ، فإن اسم (لويس فورك) لم يدم.
سافر المستكشفون الأمريكيون في وقت لاحق في جميع أنحاء منطقة نهر الأفعى وروافده الرئيسية بداية من عام 1806 بعد عودة لويس وكلارك مباشرة، فالأول كان جون أوردواي في عام 1806 والذي استكشف أيضاً نهر السلمون السفلي، وكان جون كولتر في عام 1808 أول من رأى المنابع العليا لنهر الأفعى، بما في ذلك منطقة جاكسون هول، وفي عام 1810 اكتشف أندرو هنري جنباً إلى جنب مع مجموعة من صائدي الفراء وشوكة هنريز في نهر سنيك والتي سميت الآن باسمه، وأبحر دونالد ماكنزي في الجزء السفلي من نهر الأفعى في عام 1811.
ومن بين المستكشفين لاحقاً ويلسون برايس هانت من رحلة أستور (الذي أطلق على النهر اسم “نهر مادون”) رامزي كروكس وفرانسيسكو بايل وجون جراي وتيري جوددين و العديد من الآخرين بعد ثلاثينيات القرن التاسع عشر، وكان العديد من هؤلاء المستكشفين اللاحقين أعضاءً أصليين في بعثة لويس وكلارك الاستكشافية الذين عادوا لرسم خريطة واستكشاف المنطقة بمزيد من التفصيل، وحتى في وقت لاحق قام صيادو الفراء الأمريكيون باستكشاف المنطقة بحثاً عن تيارات القندس، لكن الصيادين الكنديين من شركة خليج هدسون البريطانية كانوا الآن منافساً رئيسياً.
أرسلت شركة (Hudson’s Bay) لأول مرة صائدي الفراء إلى مستجمعات مياه نهر الأفعى في عام 1819، حيث سافر الفريق المكون من ثلاثة أفراد إلى منابع نهر (Owyhee) أحد الروافد الجنوبية الرئيسية للثعبان لكنهم اختفوا، وفي هذه الأثناء مع استمرار صائدي الفراء الأمريكيين في القدوم إلى المنطقة أمرت شركة خليج هدسون الصيادين الكنديين بقتل أكبر عدد ممكن من القنادس، ممَّا أدى في النهاية إلى القضاء على الأنواع تقريباً من مستجمعات مياه نهر الأفعى بموجب، وكان هدف الأمريكيون في النهاية الحصول على حقوق في إقليم أوريغون، وهي منطقة تغطي واشنطن وأوريغون وأيداهو وأجزاء من مونتانا ووايومنغ (تسمى معظم المنطقة الحالية شمال غرب المحيط الهادي)، ومع ذلك تم ضم المنطقة في النهاية إلى الولايات المتحدة.